便携式气质联用仪是指将气相色谱仪和质谱仪联合起来使用的仪器。质谱法可以进行有效的定性分析，但对复杂有机化合物的分析就显得无能为力；而色谱法对有机化合物是一种有效的分离分析方法，适合于进行有机化合物的定量分析，但定性分析则比较困难。
便携式气质联用仪被广泛应用于复杂组分的分离与鉴定，其具有GC的高分辨率和质谱的高灵敏度，是生物样品中药物与代谢物定性定量的有效工具。质谱仪的基本部件有：离子源、滤质器、检测器三部分组成，它们被安放在真空总管道内。
色谱部分的主要作用是分离，混合物样品在合适的色谱条件下被分离成单个组分，然后进入质谱仪进行鉴定。色谱仪是在常压下工作，而质谱仪需要高真空，因此，如果色谱仪使用填充柱，要经过一种接口装置－分子分离器，将色谱载气去除，使样品气进入质谱仪。
质谱仪既是一种通用型的检测器，又是有选择性的检测器。它是在离子源部分将样品分子电离，形成离子和碎片离子，再通过质量分析器按照质荷比的不同进行分离，在检测器部分产生信号，并放大、记录得到质谱图。
质谱的重现性不好的原因：
1、灯丝损坏，排除方法是更换灯丝；
2、离子源被污染，排除方法是对离子源依次用甲醇、丙酮超声清洗各15min；
3、质谱仪的质量标尺校准不准确，排除方法是重新校准质谱仪的质量标尺；
4、质谱仪调谐未达到合适状态，排除方法是重新调谐质谱仪；
5、离子源加热器不稳定，排除方法是更换离子源加热器。
