在线单颗粒气溶胶质谱仪如果使用填充柱，要经过一种接口装置一分子分离器，将色谱载气去除，使样品气进入质谱仪。如果色谱仪使用毛细管柱，则可以将毛细管直接插入质谱仪离子源，因为毛细管载气流量比填充柱小得多，不会破坏质谱仪真空。
质谱是一种化学分析形式，用于测量样品中原子和／或分子的质荷比（m／z）。它还能够区分同一元素的不同同位素。根据质谱仪的类型，这些测量通常可以用来确定样品成分的确切分子量，并识别未知化合物。
在线单颗粒气溶胶质谱仪系统共有的后一个部件是检测或计算特定m／z值的离子数量的手段。这些设备被称为检测器，它们也有几种不同的形式，常见的是电子倍增器、法拉第杯、阵列检测器和电荷（感应）检测器。
由于有这么多不同类型的离子源、电离机制和不同类型的质量分析器，有许多不同的排列组合系统，可以通过一些工程努力来建立。然而，有一些类型的离子源和质量分析器彼此之间是非常合适的，这些包括常用的商业仪器。
生物气溶胶包括真菌，细菌，病毒和花粉。它们的浓度在行星边界层（PBL）中大，并随高度降低。生物气溶胶的成活率取决于许多生物和非生物因素，包括气候条件，紫外线（UV），温度和湿度以及尘埃或云层中的资源。
在海洋环境中发现的生物气溶胶主要由细菌组成，而在陆地环境中发现的生物气溶胶则富含细菌，真菌和花粉。特定细菌及其营养来源的优势会根据时间和位置而变化。
