全自动核酸质谱系统一般由样品导入系统、离子源、质量分析器和检测器组成，此外，还含有真空系统和控制及数据处理系统等辅助设备。
全自动核酸质谱系统检测系统不存在杂交错配干扰，无需荧光染料，直接以核酸片段的分子量大小为标记，适用于各种类型的核酸分析实验。为生物医学、临床分子诊断、转化医学、肿瘤学、个体化医疗、微生物流行病学研究等多种核酸检测领域带来了新的契机。
1、有机质谱仪：
由于应用特点不同分为：
（1）气相色谱－质谱联用仪（GC－MS）
在这类仪器中，由于质谱仪质谱仪工作原理不同，又有气相色谱－四极质谱仪、气相色谱－飞行时间质谱仪、气相色谱－离子阱质谱仪等。
（2）液相色谱－质谱联用仪（LC－MS）
同样，有液相色谱－四器极质谱仪、液相色谱－离子阱质谱仪、液相色谱－飞行时间质谱仪，以及各种各样的液相色谱－质谱－质谱联用仪。
（3）其他有机质谱仪
主要有：基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪（MALDI－TOFMS）、傅里叶变换质谱仪（FT－MS）。
2、无机质谱仪：
包括：火花源双聚焦质谱仪（SSMS）、感应耦合等离子体质谱仪（ICP－MS）、二次离子质谱仪（SIMS）等。
3、同位素质谱仪：
包括：进行轻元素（H、C、S）同位素分析的小型低分辨率同位素质谱仪和进行重元素（U、Pu、Pb）同位素分析的具有较高分辨率的大型同位素质谱仪。
4、气体分析质谱仪：
主要有：呼气质谱仪、氦质谱检漏仪等。
