全自动微生物检测系统即基质辅助激光解析电离飞行时间质谱，是一种新型的软电离生物质谱技术，在微生物鉴定过程中展示出很大的优势。质谱分析作为定量检测分析，在检测的灵敏度、特异性、分析速度、多指标同时检测等方面有非常强的优势，临床上可实现对部分传统检测方法的技术替代。
感染类疾病治疗过程中，病原微生物快速和准确的鉴定是临床治疗的基础，传统的微生物诊断技术包括：涂片镜检、分离培养、血清学检测、分子生物学检测等。近年来，随着质谱技术的快速发展，离子源技术及质量分析器技术的变革，全自动微生物检测系统成为微生物诊断领域一种非常有效的分析工具。
微生物质谱检验技术是将样品分散在基质分子中并形成晶体。当用激光照射晶体时，基质从激光中吸收能量，样品解吸附，基质－样品之间发生电荷转移使得样品分子电离，电离的样品在电场作用下飞过真空的飞行管，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测，即通过离子的质量电荷之比（M／Z）与离子的飞行时间成正比来分析离子，从而测得并绘出样品分子的质谱图。
蛋白质是生命的物质基础，不同的细菌或不同疾病的样品，其蛋白质的种类和含量不同。不同的蛋白质解析后形成的多肽片段的种类、数量和分子量也不一样，在一定的条件下，在电离空间的运动速度和距离不同。用质谱仪将各种蛋白质解析后在电离空间的运动速度和距离的轨迹记录和描绘下来，则会形成不同的曲线图形。
